La gouvernance d’E³A comprend un Comité de Pilotage (CP) et un Comité Scientifique (CS).

Le CP veille à la bonne adéquation des objectifs et des moyens alloués à E³A. Il suit et approuve sa gestion financière. Il définit enfin les évolutions éventuelles à apporter aux contenus et aux objectifs d’E³A.

Le CS a en charge le bon fonctionnement de la PF au quotidien. Il veille à la compatibilité et à l’équilibre des prestations fournies aux utilisateurs extérieurs et aux entités partenaires. Il a en charge la sélection des prestations fournies en interaction avec les responsables de chacune des sous plateformes.

Les membres extérieurs des deux comités ont été désignés afin de créer les conditions d’un élargissement futur du périmètre d’E³A. A ce titre, figurent déjà des personnels de l’IRSTEA, du LYRE, de l’université de La Rochelle, et de l’UPPA.